Princip metody spočívá v aplikaci přírodních pigmentů do kůže nejmodernějším přístrojem, díky kterému je zapouštění barevných pigmentů do pokožky mnohem šetrnější, jemnější, rovnoměrné a méně bolestivé, než tomu bylo dříve. Mikropigmentace se provádí šetrně v místech obočí, očních víček a rtů při znecitlivění lokálními povrchovými anestetiky, které eliminují bolestivost výkonu.
Veškerý materiál, který se používá k aplikaci PMU, je sterilní a jednorázový. Aplikace PMU je dvojfázový proces. Nejdříve za čtyři týdny po první části zákroku lze posoudit odstín a intenzitu barvy. V rozmezí 6 týdnů následuje druhá návštěva, tzv. doplnění či korekce, při níž jsou korigovány drobné nesrovnalosti a odstín barvy. S přirozenou obnovou kožních buněk se pigment během let postupně vytrácí. Pigmentaci lze kdykoliv obnovovat.
